Kā kontigi tiek samontēti sastatnēs?
Kā kontigi tiek samontēti sastatnēs?
Anonim

Veidojot genoma melnrakstu, vispirms tiek veikti atsevišķi DNS nolasījumi salikti kontigos, kas pēc būtības to montāža, starp tām ir atstarpes. Nākamais solis ir uz tad izlīdziniet plaisas starp tām kontigs uz izveidot a sastatnes. To var izdarīt, izmantojot optisko kartēšanu vai mate-pair sekvencēšanu.

Tāpat jūs varat jautāt, kas ir kontigi un sastatnes?

A sastatnes ir genoma sekvences daļa, kas rekonstruēta no gala sekvencētiem visa genoma bises kloniem. Sastatnes sastāv no kontigiem un spraugas. A kontig ir blakus esošais genoma secības garums, kurā bāzu secība ir zināma ar augstu ticamības līmeni. Dažos gadījumos, sastatnes var pārklāties.

Turklāt, kas ir kontigs bioinformātikā? A contig (no blakus esošajiem) ir DNS segmentu kopums, kas pārklājas, kas kopā veido DNS vienprātīgu reģionu. Contigs tādējādi var attiekties gan uz DNS secību, kas pārklājas, gan uz pārklājošiem fiziskajiem segmentiem (fragmentiem), kas ietverti klonos atkarībā no konteksta.

Šajā sakarā, kā tiek samontēti kontigi?

DNS fragmentu pārklājošās DNS sekvences kopa ir pazīstama kā a kontig. Contig kartēšana ir process, kurā kloni pārklājas samontēts lai secinātu šo pārklājumu. Tas ietver sakārtošanu kontigiem kārtībā un orientācijā. Klonēt kontigiem var būt automātiski samontēts izmantojot to BAC beigu sekvences.

Kāpēc kontigi ir svarīgi?

Contig montāža ir svarīgs solis genoma montāžā. Kartēšanai tiek apkopoti pārklājošie kloni, lai secinātu, ka tie pārklājas. Katrs fragments tiek klonēts vektorā un sekvencēts no abiem galiem, lai iegūtu sekvences garumu aptuveni 600–700 bp. Sekvenci no abiem DNS fragmenta galiem sauc par pāra galu.

Populārs ar tēmu